Après des études de biologie et de géologie, Guillaume Habert a obtenu en 1999 un diplôme d'études de la terre, de l'atmosphère et de l'océan à l'École normale supérieure de Paris et un doctorat en 2004 à l'Université de Toulouse sur la géologie structurale. Il réalise ensuite un post-doctorat à l’Université fédérale de Paraiba au Brésil. De 2007 à 2012, Guillaume Habert a mené des recherches au Laboratoire central des ponts et chaussées à Paris. Ses travaux ont porté sur le développement de bétons durables et l'évaluation environnementale des matériaux de construction. Il a donné des conférences sur la construction durable et a enseigné dans diverses écoles d’ingénierie et d’architecture. Depuis août 2012, Guillaume Habert est titulaire de la chaire de construction durable et professeur associé à l'ETHZ.