Nach seinem Studium in Biologie und Geologie diplomierte Guillaume Habert 1999 in Erd-, Atmosphären- und Ozeanwissenschaften an der École normale supérieure in Paris und promovierte 2004 an der Université Toulouse in Strukturgeologie. Es folgte ein Postdoc an der Federal University of Paraiba in Brasilien. Zwischen 2007 und 2012 forschte Guillaume Habert am Laboratoire Central des Ponts et Chaussées in Paris. Dort konzentrierte er sich auf die Entwicklung von nachhaltigem Beton sowie auf die ökologische Bewertung von Baumaterialien. Er hielt Vorträge über das nachhaltige Bauen und unterrichtete an verschiedenen Ingenieur- und Architekturschulen. Seit August 2012 ist Guillaume Habert Leiter des Lehrstuhls für Nachhaltiges Bauen und assoziierter Professor der ETH Zürich.